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Eu acho que entendi o que você quis dizer, e resposta é sim, qualquer código html, css, php, jquery, javascript e etc... pode ser usado em conjunto com o Bootstrap sim, sem problemas. Só o Bootstrap não resolverá todos os seus problemas, então você pode sim outras linguagens para complementar os elementos que o bootstrap oferece para sua aplicação.

Obrigado, era isso mesmo que eu gostaria de saber, se ele aceita todo tipo de código php ao qual usamos no Dreamweaver tanto para formulários como até conexão com o banco de dados.